1. это предупреждения, что npm не может сохранить запись о пакете в файл package.json, ничего особо критичного, чтобы избавить создавай этот файл (командой npm init, если делаешь проект для себя, то просто на все вопросы нажимай enter, потом можешь поправить любым текстовым редактором)
2. в папку node_modules сохраняются устанавливаемые в данный проект (папку) модули, соответственно удаляя эту папку удаляешь и webpack
p.s. настоятельно советую почитать базовые вещи про то как работает npm