vovkka

Решил проблему сам.
В вызове комплексного компонента каталог, необходимо закомментировать строчку "smart_filter" => "#SECTION_CODE_PATH#/#SMART_FILTER_PATH#/",
Возможно где то в ней кроется ошибка.

решил проблему сам:
решается слиянием двух массивов (стандартного и кастомного) предварительно проверив их на пустоту.

// определяете ваш дополнительный фильтр
$GLOBALS['arMyNewFilter'] = array(
   'SOME_FILTER_PARAMS' => 'SOME_VALUES'
);

// склеиваете дополнительный фильтр с основным (если он есть)
if(!empty($arParams['FILTER_NAME']) && !empty($GLOBALS[$arParams['FILTER_NAME']]) && is_array($GLOBALS[$arParams['FILTER_NAME']])) {
   $GLOBALS['arMyNewFilter'] = array_merge_recursive($GLOBALS[$arParams['FILTER_NAME']], $GLOBALS['arMyNewFilter']);
}

//И компоненту нужно будет установить параметр:
'FILTER_NAME' => 'arMyNewFilter'