Есть свойства со своими ID, а есть значения свойств заказов, у которых тоже есть свои ID и своя таблица.
CSaleOrderPropsValue::Update работает именно со значениями свойств. Поэтому получается, что вы значения свойств одного заказа перепривязываете к новому заказу.
Вам надо использовать CSaleOrderPropsValue::Add, чтобы добавить новые параметры к новому заказу.
https://dev.1c-bitrix.ru/api_help/sale/classes/csa...