Попробую кратко пояснить:
1. У любого документа есть структура (разметка).
2. У любой структуры есть типы данных (они же блоки).
3. У любого типа данных есть свой формат, назначение и объём.
Хранение:
1. Все "тяжёлые" типы данных (мультимедиа/приложения, архивы/документы) - храним в файловой структуре на диске.
2. Все "лёгкие" типы (разметка документа и текстовые данные: "тело" документа, заметки, рецензирование, глоссарий, сноски, переводы) - храним в базе данных.
Структура базы данных и сама база данных - зависит от задач и может быть любой (mysql - более, чем достаточно).