А вы не добавляйте домены в httpd.conf
У вас же FreeBSD, если я верно помню. Там в /usr/local/etc/apache24 есть директория Includes, а в дефолтном, идущем в комплекте httpd.conf в самом низу строка инклюда
Include etc/apache24/Includes/*.conf которая подключает все файлы с расширением .conf в директории Include в httpd.conf.
Перенесите конфигурацию ваших доменов/сайтов в отдельные файлы в Includes/site1.conf, Includes/site2.conf и т.д.
Дефолтный httpd.conf, кстати, требует крайне мало изменений. Чаще всего изменения от дефолтного конфига в таких параметрах:
EnableSendfile off
LoadModule php5_module libexec/apache24/libphp5.so #при инсталляции mod_php5 у вас уже должно было это появиться
Listen 127.0.0.1:80 #Или другой порт, если у вас используется nginx фронтендом, если нет - оставить Listen 80
ServerName localhost:80 #Я ставлю так, чтобы не морочиться с /etc/hosts и апач не ругался на невозможность разрешить имя
Require all granted #Если требуется. Это как бы замена Deny, Allow в apache-2.2
#Также при большом желании можно еще поменять DirectoryIndex, но не всем это надо, да и можно переопределить в отдельном файле
DirectoryIndex index.php index.html
В остальном, если перенесете виртхосты в отдельные файлы в Includes - практически ничего не понадобится, ибо конфиги практически совместимы. Надо будет только, если у вас используется в Directory
Order allow,deny
Allow from all
заменить на
Require all granted
если не разрешили в основном файле.
В остальном - уже смотрите по выдаваемым apachectl configtest замечаниям и по логам.
Так что проще взять дефолтный конфиг, идущий с апачем и поменять нужные строки, а адаптировать старый конфиг от apache-2.2 выйдет дольше по времени, плюс к тому, можете не учесть каких-то новых параметров.