Sudo service uwsgi restart переименовывает /var/run/mysqld/mysqld.sock?

А что в конфигах uwsgi?

ololopishpishrealne: Здравствуйте, извиняюсь за запоздалый ответ.
vim /etc/init/uwsgi.conf

description "uWSGI application server in Emperor mode"

start on runlevel [2345]
stop on runlevel [!2345]

setuid sos
setuid www-data

exec /usr/local/bin/uwsgi --emperor /etc/uwsgi/sites

Делал по этому мануалу: https://www.digitalocean.com/community/tutorials/h...

Alexander: конфиги аппов из /etc/uwsgi/sites покажи еще.

ololopishpishrealne:

[uwsgi]
project = new_project
base = /home/my_projects

chdir = %(base)/%(project)
home = %(base)/Env/%(project)
module = %(project).wsgi:application

master = true
processes = 5

socket = %(base)/%(project)/%(project).sock
chmod-socket = 664
vacuum = true

Ну это ты из мануала копируешь или у тебя прям так и сделано?
Просто не видно откуда uwsgi успевает дернуть mysql. В my.cnf правильный путь до сокета?
На стаке отсылают вот к этому вопросу https://serverfault.com/questions/751277/mysql-dae...
Через dmesg | tail и journalctl -xe поищи что за ошибки вылезают при рестарте uwsgi. возможно это apparmor.

ololopishpishrealne: прям так

Это очень странно конечно, мануалы диджиталокеана для 16 убунты рабочие, может просто поставишь 16?)

vim /etc/mysql/my.cnf

# Copyright (c) 2016, Oracle and/or its affiliates. All rights reserved.
#
# This program is free software; you can redistribute it and/or modify
# it under the terms of the GNU General Public License as published by
# the Free Software Foundation; version 2 of the License.
#
# This program is distributed in the hope that it will be useful,
# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
# GNU General Public License for more details.
#
# You should have received a copy of the GNU General Public License
# along with this program; if not, write to the Free Software
# Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301 USA

!includedir /etc/mysql/conf.d/
!includedir /etc/mysql/mysql.conf.d/